総本山×1、大本山×5、本山×8寺院
総本山とは、各宗派ごとの本山を取りまとめる寺院のことを指しています。
言い換えれば、その一宗派の中で最高位の寺院が総本山ということもできます。
山梨県南巨摩郡の身延山久遠寺は日蓮宗の総本山で、祖山（そざん）ともいいます。
また、東京都大田区池上の池上本門寺に宗務院（しゅうむいん）を置いています。
大本山または本山とは、特別な地位にある寺院のことを指しています。
位の高いほうから、総本山、大本山、本山になります。
総本山
- 身延山久遠寺：山梨県南巨摩郡
大本山の寺院
- 小湊誕生寺：千葉県鴨川市
- 中山法華経寺：千葉県市川市
- 重須（北山）本門寺：静岡県富士宮市
- 具足山妙顕寺：京都市上京区
- 大光山本圀寺：京都市山科区
本山の寺院
- 大坊本行寺：東京都大田区
- 真間山弘法寺：千葉県市川市
- 長谷山本土寺：千葉県松戸市
- 寂光山龍口寺：神奈川県藤沢市
- 塚原山根本寺：新潟県佐渡市
- 金栄山妙成寺：石川県羽咋市
- 堀之内妙法寺：東京都杉並区
- 慈雲山瑞輪寺：東京都台東区
そのほか、全国各地・海外に日蓮宗（法華宗）の寺院があります。